Ishte vendi i parë në Ballkanin Perëndimor që nënshkroi Marrëveshje Stabilizim Asociimi (MSA)me BE-në Stabilisation and Association Agreement (SAA), që hyri në fuqi në muajin prill të vitit 2004. MSA-ja synon të liberalizojë tregtinë për 95% të eksporteve me BE-në. 

Komisioni i Përbashkët Parlamentar u krijua në vitin 2004. Komisioni shqyrton të gjitha aspektet e marrëdhënieve midis BE-së dhe Republikës së Maqedonisë së Veriut veçanërisht zbatimin e MSA-së. 

Në dhjetor të vitit 2005, vendit iu dha statusi vend-kandidat për anëtarësim në BE. 

Në dhjetor të vitit 2009, qytetarëve të vendit iu dha e drejta e udhëtimit pa viza në zonën Schengen.  

Në muajin mars të vitit 2020, Këshilli Europian e miratoi vendimin për hapje të negociatave me Maqedoninë e Veriut. Pasi Këshilli miratoi Kornizën Negociuese, në përputhje me Metodologjinë e reviduar të zgjerimit, më 19 korrik 2022,  BE-ja filloi fazën e hapjes së negociatave të anëtarësimit me Maqedoninë e Veriut. Në dhjetor të vitit 2023, vendi e përfundoi procesin e skriningut.

BE është partneri kryesor tregtar i Maqedonisë së Veriut, duke përshirë 77.5% të eksporteve të vendit dhe 51% të importeve të saj. Gjermania është partneri më i madh tregtar i vendit, ndjekur nga Britania e Madhe, Serbia, Kina dhe Greqia. 

Eksportet nga vendi përqendrohen në disa produkte, më të rëndësishmet janë: aliazhet e fero-nikelit, hekuri dhe çeliku, si dhe tekstili. 

Importet kryesore janë nafta bruto, energjia elektrike, produktet e petëzuara të hekurit dhe çelikut, si dhe automjetet. 

Mbështetje për biznesin 

Disa nga programet dhe iniciativat kryesore të BE-së për të mbështetur rritjen e bizneseve dhe ekonominë më të gjerë janë në dispozicion për kompanitë me seli në Republikën e Maqedonisë së Veriut, përfshirë: 

• Horizon Europe 2021-2027 (programi kryesor i financimit të BE-së për kërkime dhe inovacione me një buxhet prej 95.5 miliardë €).
• Access2Markets (portal për eksportin dhe importin e BE-së, duke siguruar të gjitha tarifat, procedurat doganore dhe formalitetet, kërkesat për produktet për EU market).
• Grow your Business (Rritni biznesin tuaj) (shërbime këshillëdhënëse të subvencionuara për kompanitë).
• Enterprise Europe Network  (informacion dhe këshilla për kompanitë mbi çështjet e BE-së).

Organizatat e shoqërisë civile mbështesin autoritetet e Maqedonisë së Veriut në zbatimin e reformave strukturore në rrugën e aderimit. Ata mobilizojnë qytetarët, shprehin shqetësimet e njerëzve, kanalizojnë energjinë e komuniteteve në mbështetje të zhvillimit të qëndrueshëm 

BE-ja dëgjon shoqërinë civile, punon me shoqërinë civile dhe mbron rolin e shtuar të organizatave të shoqërisë civile në dialogun e politikave të bazuara në sektorë, në vend.  

BE gjithashtu siguron ndihmë financiare për projekte të shoqërisë civile nëpërmjet Instrumentit për Para-Anëtarësim (IPA). BE krijoi Instrumentin për Shoqërinë Civile në 2008 për të mbështetur zhvillimin e shoqërisë civile në Evropën Juglindore dhe për t'i ndihmuar ata të: 

• Luajnë rol aktiv në dialogun mbi politikat dhe të mbështesë procesin e aderimit në nivel të komunitetit.
• Mobilizojë qytetarët dhe komunitetet në gjetjen e zgjidhjeve lokale dhe në drejtimin e nismave të gjithë-përfshirjes sociale.
• Angazhohet në promovimin e të drejtave njerëzore, sociale dhe mjedisore.
• Të jetë vëzhgues efektiv në monitorimin e reformave strukturore të drejtuara nga qeveria.
• Zhvillojnë projekte dhe rrjete ndërkufitare. 

Në periudhën 2014-2020, BE siguroi 24.3 milionë EUR për projekte të organizatave të shoqërisë civile në Maqedoninë e Veriut.  

Republika e Maqedonisë së Veriut dëshiron të bëhet anëtare e BE-së. Për ta ndihmuar në arritjen e këtij qëllimi, BE-ja ofron mbështetje të vazhdueshme dhe ndihmë financiare nëpërmjet projekteve në mënyrë që vendi të mund të ndërmarrë çdo reformë të nevojshme.

Instrumenti për Para-aderim (IPA) është instrumenti kryesor financiar i BE-së për të mbështetur reformat strukturore në Maqedoninë e Veriut dhe rrugën  e vendit për aderim në BE. Që nga viti 2007, BE-ja ka investuar 1.6 miliardë euro, përmes zarfit kombëtar IPA, në pesë fusha kryesore:

1. Sundimi i ligjit dhe të drejtat themelore.

2. Demokracia dhe qeverisja e mirë.

3. Mbrojtja e mjedisit dhe lidhshmëria e qëndrueshme.

4. Rritja ekonomike dhe kapitali njerëzor.

5. Bujqësia dhe zhvillimi rural.

Vendi përfiton gjithashtu nga IPA Programi me Shumë-Përfitues, i cili ndau ndihmën e BE-së prej 3.24 miliardë euro për periudhën 2014-2022 për të mbështetur projekte me ndikim rajonal për Ballkanin Perëndimor.

Që nga viti 2009, Fondi i Investimeve për Ballkanin Perëndimor të BE-së (WBIF) ka mbështetur investime të vlerësuara prej 3 miliardë eurosh në sektorin publik në Maqedoninë e Veriut. Deri më sot, vendi ka përfituar nga 48 grante për vlerën e përgjithshme prej 486.5 milionë euro, që mbulojnë si asistencën teknike ashtu edhe punët investuese. Donatorë të tjerë kanë kontribuar 20.2 milionë euro si ndihmë dypalëshe dhe 900 milionë euro janë dhënë si kredi nga Institucione të ndryshme Financiare Ndërkombëtare.

Përveç kësaj, Instrumenti Europian për Demokraci dhe të Drejtat e Njeriut (EIDHR) ka dhënë 10 milionë euro për projekte që përmirësojnë demokracinë dhe të drejtat e njeriut në periudhën 2007-2024.

Shkëmbimi i Asistencës Teknike dhe Informacionit (TAIEX) 

BE-ja gjithashtu ofron mbështetje përmes Instrumentit TAIEX i cili i ndihmon vendet partnere të njihen, të aplikojnë dhe të zbatojnë ligjet e BE-së. 

TAIEX financon asistencë, këshillim dhe trajnim afatshkurtër teknik. 

Asistenca e TAIEX është e hapur për: 

• Punonjësit e administratës.
• Autoritetet e gjyqësorit dhe të zbatimit të ligjit.
• Organet parlamentare/legjislative dhe personelin e tyre.
• Shoqatat profesionale/tregtare, grupet e punonjësve dhe punëdhënësve.
• Përkthyesit dhe redaktorët e teksteve legjislative. 

Gjithashtu, Instrumenti TAIEX për Administratën Lokale (LAF) mbështet seminaret mbi politikat kyçe të BE-së të cilat tani kanë ndikim në nivel lokal për anëtarët e zgjedhur dhe zyrtarët e përhershëm të autoriteteve vendore dhe rajonale.