والهدف الأساسي لبعثة الاتحاد الأوروبي بالمغرب هو تمتين علاقات الشراكة بين الاتحاد الأوروبي والمغرب في إطار سياسة الجوار الأوروبية، وذلك من خلال المواكبة المالية للإصلاح السياسي والاقتصادي والاجتماعي في المغرب بفضل برنامج تعاون طموح. كما تهدف بعثة الاتحاد الأوروبي بالمغرب إلى تفعيل العلاقات التجارية في إطار الاتفاقات التجارية التي تم توقيعها وكذا المفاوضات المتعقلة باتفاق التبادل الحر الشامل والمعمق. وعلاوة على ذلك، تهدف إلى تعزيز التعاون في المجال الأمني وتعمل على تنفيذ الشراكة من أجل التنقل ومتابعة البروتوكول الجديد للصيد البحري. 

وإلى ذلك، تضطلع البعثة بتنسيق عمل الاتحاد الأوروبي و الدول الأعضاء الثلاثة والعشرين المعتمدة في المغرب على المستوى المحلي (18 من هذه الدول ممثلة بسفارة). هدفنا التحدث بصوت واحد والتعامل مع الشعب المغربي على نحو متناسق وفعال. 

افتتحت بعثة الاتحاد الأوروبي أول مقر لها في الرباط سنة 1979. عدد موظفيها في تزايد مستمر حيث يشتغل بها حاليًا ثمانون (80) موظفًا أوروبياً ومغربيًا يُساهمون، كل في مجال اختصاصه، في تقوية العلاقات بين الاتحاد الأوروبي والمغرب.