La mission de la Délégation de l'Union européenne à Madagascar et aux Comores consiste notamment à:

• Assurer la représentation de l'Union européenne auprès de la République de Madagascar et de l’Union des Comores.
• Maintenir les contacts avec les ambassades et organismes internationaux, le secteur privé et la société civile dans les deux pays.
• Assurer dans ce cadre le suivi des relations bilatérales dans le domaine des relations politiques, économiques, commerciales et de coopération.
• Promouvoir et défendre les valeurs et intérêts de l'Union européenne.
• Assurer le suivi et promouvoir la participation de Madagascar et des Comores au processus d’intégration régionale dans les domaines politique, économique, commercial et de coopération.
• Assurer le suivi de la gestion des programmes et projets en cours.
• Être associée/soutenir les interventions de la Banque Européenne d'Investissement, et la représenter le cas échéant.
• Promouvoir des actions de presse et d’information en relation avec ce qui précède.
• Promouvoir la visibilité des actions de l'Union européenne et la connaissance des valeurs et des politiques de l'Union européenne auprès du public malgache et du public comorien.