تعتبر القمة الإسلامية، التي تجمع ملوك ورؤساء دول وحكومات الدول الأعضاء، السلطة العليا للمنظمة، حيث تجتمع مرة كل ثلاث سنوات للتداول واتخاذ القرارات المتعلقة بالسياسة وتقديم التوجيه. كما يجتمع مجلس وزراء الخارجية مرة في السنة. أما الأمانة العامة، وهي الجهاز التنفيذي للمنظمة، فهي مكلفة بتنفيذ قرارات الهيئتين السابقتين.

تم تعيين السيد حسين إبراهيم طه، وزير الخارجية والتعاون الدولي السابق في تشاد، في 28 تشرين ثاني 2020، أمينًا عامًا لمنظمة التعاون الإسلامي، اعتبارًا من 17 نوفمبر 2021.

ومن أجل تنسيق وتعزيز عملها ومواءمة وجهات نظرها ومواقفها وتحقيق نتائج ملموسة في مختلف مجالات التعاون بين دولها الأعضاء، أنشأت المنظمة لجانًا مختلفة، جميعها تقريبًا على المستوى الوزاري، يترأس عدد منها رؤساء الدول.

في القمة الثالثة عشر في نيسان 2016، تبنت منظمة التعاون الإسلامي برنامجاً واسعاً للمنظمة، والذي يركز أيضاً بشكل مهم على الإرهاب والتطرف: برنامج عمل المنظمة-2025 للعقد القادم.

بدأت العلاقات بين الاتحاد الأوروبي ومنظمة المؤتمر الإسلامي في التطور بمبادرة من الممثل الأعلى السابق للاتحاد الأوروبي خافيير سولانا في أعقاب أزمة الرسوم الكاريكاتورية الدنماركية الأولى في عام 2005.

أعطيت العلاقات دفعة جديدة على مستوى جهاز العمل الخارجي الأوروبي في مجال متابعة تطورات "الربيع العربي" عام 2011. وبعد تبادل الرسائل بين الممثل الأعلى والأمين العام لمنظمة التعاون الإسلامي، تم إجراء أول زيارة لوفد من جهاز العمل الخارجي الأوروبي إلى جدة في كانون أول 2011. وقد عقدت أول محادثات غير رسمية بين الموظفين في بروكسل في عام 2012، كما عقدت المحادثات الفنية في حزيران 2014 في بروكسل. وتُعقد اجتماعات الحوار السياسي بين الاتحاد الأوروبي ومنظمة المؤتمر الإسلامي بانتظام خلال أسبوع الجمعية العامة للأمم المتحدة (UNGA) في أيلول.

في عام 2013، افتتحت منظمة التعاون الإسلامي بعثة دائمة لدى الاتحاد الأوروبي، بينما اعتمد الاتحاد الأوروبي رئيساً لوفد منظمة التعاون الإسلامي في عام 2016. وقد وقعت الممثلة العليا السابقة/ نائب الرئيس موغيريني مع الأمين العام المدني على هامش الجمعية العامة للأمم المتحدة لعام 2015 مذكرة تفاهم بهدف تعزيز الحوار والتعاون بين المؤسستين.

وقد تم إضفاء الطابع المؤسسي على اجتماعات كبار المسؤولين منذ عام 2017، حيث تم إطلاق المزيد من التعاون من خلال عدد من الفعاليات والقرارات المشتركة في مجلس حقوق الإنسان التابع للأمم المتحدة (المنتدى رفيع المستوى بشأن التمييز ضد المسلمين والكراهية في نيويورك في عام 2017، والقرارات بشأن ميانمار في عام 2020. ).

وفي أيلول 2020، عين نائب الممثل الأعلى/ نائب الرئيس جوزيب بوريل السيد باتريك سيموني، وهو أيضاً رئيس وفد الاتحاد الأوروبي لدى المملكة العربية السعودية، ممثلاً للاتحاد الأوروبي لدى منظمة التعاون الإسلامي (OIC).

في الاجتماع الأخير لكبار المسؤولين الذي عقد في يوليو 2020 بشكل افتراضي، اتفق الطرفان على توسيع التعاون في عدد من القطاعات مثل التعليم والتعاون الثقافي وتمكين المرأة والشباب وتعزيز حقوق الإنسان والحوار بين الثقافات